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北海市衛生學校創辦于1958年9月，創辦時名“廣東省合浦醫學專科學校”。隨轄屬及其他情況的變化，先后改為“廣東省合浦縣衛生學校”、“廣東省合浦衛生學校”、“廣西壯族自治區合浦衛生學校”、“欽州地區合浦衛生學校”、“北海市合浦衛校”，2008年9月主校區搬進北海校區后更為現名。2015年4月由衛生行業主管劃歸為教育部門主管的公立中等職業學校，是國家級重點中等職業學校和廣西示范性中等職業學校。2012年通過教育部立項批復，成為第三批“國家中等職業教育改革發展示范學校”立項建設學校，是廣西中等職業教育示范特色學校。
北海市衛生學校附屬醫院（合浦）是一所集醫療、教學、培訓、科研四位一體的國家二級甲等綜合醫院，常年醫療服務衛生人員約550人。附院開放床位344張，編制床位200張，年服務門診人數達31萬人次，服務住院病人1.33萬人次，年醫療服務收入9493萬元。主動承擔自治區鼻咽癌篩選、新生兒缺陷篩查和白內障復明等利民項目，為本地區群眾的健康提供了保障，醫院為地方服務的能力不斷提升。近兩年附院接收學校階段見習、病例見習學生4116人次，頂崗實習學生598人次，其中高職頂崗129人，是學校重要的臨床實踐技能實訓基地。
北海市衛生學校辦學以來，學校的發展日新月異，各項工作碩果累累，2000以來獲得全國職業教育先進單位、國家級重點中等職業學校、全國文明風采優秀組織獎、省級重點中等職業學校、全區職業教育先進單位、全區中等職業學校招生先進單位、廣西職業教育先進攻堅工作先進集體、全區護理操作技能比賽團體一等獎、第二屆全國衛生職業院校“中醫藥社杯”檢驗技能競賽中職組團體二等獎等55項榮譽，學生獲得其他各種各類榮譽不計其數。
